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过去,曾有过使人们和Repliod陷入恐慌的混乱的战争.
以Σ病毒为起端发生了一场Irregular战争,用Repliod和兵器做为武力实施手段,不久后变换形式,发展到对电子精灵滥用的战争…这场被认为永无休止的战争,最终因为青之英雄X和X使用的电子精灵"暗黑精灵"的力量,消灭了邪恶的电子精灵,打上了终止符.
期盼和平的X,创建了人类和Repliod共同生活的理想乡"Neo Arcadia"并成为了统治者.人类和Repliod终于过上了平静的生活.但是对背负着封印暗黑精灵宿命的X,是不允许有这种平静生活的.
从此继续着和平的日子…执着的X,为了封印暗黑精灵,牺牲了自己的身体.在"Neo Arcadia"的最深部"Yggr-drasill"沉睡着.
相信那样,可以使和平长久地持续下去…
"Neo Arcadia"的领导者隐瞒着事实,计划着制造X的代理-X的复制品.被委托了那个重大使命的,是在年轻一辈中有着优秀才能的科学家Ciel.Ciel完成了期望和平X的复制品"Copy X".这样,诞生的Copy X作为"X",成为了"Neo Arcadia"的统治者.
但过分执着于对和平的维持,"Neo Arcadia"的正义开始慢慢发生倾斜.
对没有用的Repliod的捕获,处分,那种景象并不是Ciel所真正期望的和平.
带着无罪的Repliod,逃出"Neo Arcadia"的Ciel,在众人的目光所不及的地下建造了反对派的基地.
但是,怀着必死决心对抗"Neo Arcadia"的Ciel等人,因为实力差距悬殊,Repliod伙伴还是被接连不断地处分着.Ciel把很久从前被封印了的那个传说,以前与X一起战斗的红色英雄-Zero作为最后的希望,终于在旧的地下研究所发现了Zero.
从Zero的复活,将统治"Neo Arcadia"的Copy X打倒,Ciel等人从最严重的事态中逃脱出来.
但是在基地等候的反对派众人,并没有看到Zero归来.Ciel等人迫不得已离开已经严重损坏的反对派基地,与同政府对立的其它反抗军会合.
和最初计划差距甚远而混乱的"Neo Arcadia",由四天王之一的Harupuia作为目前的负责人,继续实行着他们的计划.
Ciel等人在新的反对派基地开始生活的时候,Zero带着满身伤痛和疲惫不堪的身体,在"Neo Arcadia"的追击下而不停地逃亡…
事实上已经从那时过去了1年的时间…
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